Tomcatプラグインは一度目の起動で「catalina.base」を書き換える。

例)
書き換え前
-Dcatalina.base="/usr/local/tomcat"
書き換え後
-Dcatalina.base="/home/dot/workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/tmp0"

解決方法

Tomcatを起動するときに毎回「-Dcatalina.base」を設定する (そんなんでいい訳がない)

1. [実行(R)]から[実行の構成(N)…]を選択
2. [引数][VM引数]の「-Dcatalina.base」を再設定
3. Tomcat起動